哈尔滨工程大学继续教育学院前身系1989年9月经中国船舶工业总公司批准成立的哈尔滨船舶工程学院成人教育学院；2003年与国际合作教育学院合署办公；2006年9月更名为哈尔滨工程大学继续教育学院；2015年7月独立建制运行。学院始终继承和发扬“哈军工”优良办学传统，80年代起就面向国防工业、船舶行业、核工业以及省内地市，举办各类中短期培训班、高级专业技术人员研修班、中层干部培训班、岗前培训班和技能提高班。

哈尔滨工程大学继续教育学院作为学校对外实施继续教育的办学机构与归口管理部门，既承载成人高等教育、高等教育自学考试、涉外培训等职能，又承担继续教育、职业证书培训以及岗位培训、进修研修等多层次、多形式、多规格的教育培训任务，学院在全国4个省设立多个学习中心。哈尔滨工程大学继续教育学院依托船舶行业，面向国防工业，进一步发挥服务地方经济发展建设的优势与特色，为国防建设、黑龙江经济发展提供强有力的智力支持和人力支撑。学院作为中国船舶工程学会人才与教育学术委员会的挂靠单位，承担学术委员会秘书处工作；作为黑龙江省军队转业干部培训基地的建设单位，承担黑龙江省军队转业干部培训工作。